Figuren nedenfor viser Kapacitetsprojektets organisering. Kapacitetsplanen skal vedtages i alle kommuner og spildevandsselskaber, der derfor er de endelige beslutningstagere. Aftaleparterne er de ti kommuner og deres spildevandsselskaber.

Borgmestrene og selskabernes bestyrelsesformænd har fulgt projektet tæt og været retningsgivende for projektet. Der afholdes årlige møder, hvor alle borgmestre og bestyrelsesformænd samles til en orientering om projektets status og fremdrift.